Sağlık Bakanlığı, milli mücadelenin başlarında Ankara’daki ilk Milli Hükümet bünyesinde, 2 Mayıs 1920 tarih ve 3 sayılı kanunla “Sıhhiye ve Muavenet-i İçtimaiye Vekaleti” adıyla kurulmuştur. 24 Nisan 1930 tarih ve 1593 sayılı “Umumi Hıfzıssıhha Kanunu” ve 09.06.1936 tarih ve 3017 sayılı “Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı Teşkilat ve Memurin Kanunu” ve bu kanunlara ek olarak çıkarılan kanunlarla teşkilat yapısı bugünlere gelmiştir.
Sağlık Bakanlığı’nın teşkilat ve görevleri hakkında düzenlemelerde bulunan 181 sayılı “Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı’nın Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname” 14 Aralık 1983 tarihinde yayımlanmıştır. Daha sonra bu kararnameyi değiştiren 210 Sayılı “Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı’nın Teşkilat ve Görevleri Hakkında 181 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname’nin Bazı Hükümlerinin Değiştirilmesine Dair Kanun Hükmünde Kararname” 18 Haziran 1984 tarihinde yayımlanmıştır.
24 Ocak 1989 tarih ve 356 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile “Sağlık ve Sosyal Yardım Bakanlığı’nın Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname” ile Bakanlığın ismi “Sağlık Bakanlığı” olarak değiştirilmiş ve hizmet koşullarına göre merkez ve taşra örgütü geliştirilerek örgüt ve yönetim şekli belirlenmiştir. 2 Kasım 2011 tarih ve 663 sayılı “Sağlık Bakanlığı ve Bağlı Kuruluşlarının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararname’” ile de Sağlık Bakanlığı ve bağlı kuruluşların merkez ve taşra teşkilatları yeniden tanımlanmış, buna bağlı olarak da teşkilat, görev, yetki ve sorumlulukları yeniden düzenlenmiştir.